GIGA Rapport annuel 2021 57 SELECTION DE PUBLICATIONS PCIP-seq: simultaneous sequencing of integrated viral genomes and their insertion sites with long reads. Artesi M, Hahaut V, Cole B, Lambrechts L, Ashrafi F, Marçais A, Hermine O, Griebel P, Arsic N, van der Meer F, Burny A, Bron D, Bianchi E, Delvenne P, Bours V, Charlier C, Georges M, Vandekerckhove L, Van den Broeke A, Durkin K. Genome Biol. 2021 Apr 6;22(1):97. Novel EDGE encoding method enhances ability to identify genetic interactions. Hall MA, Wallace J, Lucas AM, Bradford Y, Verma SS, Müller-Myhsok B, Passero K, Zhou J, McGuigan J, Jiang B, Pendergrass SA, Zhang Y, Peissig P, Brilliant M, Sleiman P, Hakonarson H, Harley JB, Kiryluk K, Van Steen K*, Moore JH*, Ritchie MD*. PLoS Genet. 2021 Jun 4;17(6):e1009534. * These authors are joint senior authors on this work A 12 kb multi-allelic copy number variation encompassing a GC gene enhancer is associated with mastitis resistance in dairy cattle. Lee YL, Takeda H, Costa Monteiro Moreira G, Karim L, Mullaart E, Coppieters W; GplusE consortium, Appeltant R, Veerkamp RF, Groenen MAM, Georges M, Bosse M, Druet T, Bouwman AC, Charlier C. PLoS Genet. 2021 Jul 21;17(7):e1009331. CARTOGRAPHIE DE L’ARCHITECTURE GÉNÉTIQUE HUMAINE DE COVID-19 En mars 2020, des milliers de scientifiques du monde entier ont décidé d’unir leurs forces pour répondre à une question urgente et complexe: quels sont les facteurs génétiques qui font que certains patients atteints de COVID-19 développent une maladie grave, potentiellement mortelle, nécessitant une hospitalisation, alors que d’autres s’en sortent avec des symptômes légers ou inexistants ? Cette question a trouvé une réponse dans une étude à grande échelle menée par le consortium COVID-19 Host Genetics Initiative (https://www.covid19hg.org), lancé par Mark Daly, collaborateur de longue date de l’Unité de Génomique Animale, directeur de l’Institut finlandais de médecine moléculaire (FIMM) à l’Université d’Helsinki et membre principal du Broad Institute, et par Andrea Ganna, chef de groupe au FIMM. Le GIGA et le CHU de Liège ont été invités à participer, ainsi que plus de 3 500 chercheurs et médecins du monde entier. Une soixantaine de chercheurs et médecins du GIGA, du CHU de Liège et du CHC Mont Légia se sont rapidement mobilisés. Une collection unique de matériel corporel humain COVID-19 a été constituée et est à la disposition de la communauté scientifique via la biobanque institutionnelle du CHU de Liège (BHUL). Les résultats ont été publiés dans la revue Nature. L’étude a révélé que 13 loci sont fortement associés à l’infection ou au développement de formes sévères de COVID-19. Cet effort représente l’une des plus grandes études d’association à l’échelle du génome jamais réalisées à ce jour et a inclus près de 50 000 patients atteints de COVID-19 et deux millions d’individus «témoins» non infectés. Ces résultats contribueront à fournir des cibles pour les thérapies futures et illustrent le pouvoir des études génétiques pour en savoir plus sur les maladies infectieuses. Financement : Région wallonne, Fondation Léon Fredericq et FNRS. Contributions ULiège | CHU de Liège GIGA - ULiège Souad Rahmouni, Yves Beguin, Michel Georges, Edouard Louis, Samira Azarzar, Catherine Moermans, Sofia Melo, Nicolas Jacques, Emmanuel Di Valentin, François Giroule, Alice Collignon, Coraline Radermecker, Marielle Lebrun, Alice Collignon, Hélène Perée, Samuel Latour, Olivia Barada, Judit Sanchez, Claire Josse, Bouchra Boujemla, Margot Meunier, Emeline Mariavelle, Sandy Anania, Hélène Gazon, Monique Henket, Myriam Mni, Marie Wéry, Alicia Staderoli, Yasmine Belhaj CHU de Liège Gilles Darcis, Michel Moutschen, Benoit Misset, Julien Guiot, Patricia Dellot, Stéphanie Gofflot, Axelle Bertrand, Gilles Parzibut, Mathilde Clarinval, Olivier Malaise, Kamilia El Kandoussi, Raphaël Thonon, Pascale Huynen, Alyssia Mesdagh, Danusia Juszczak, Marjorie Fadeur, Séverine Camby, Christelle Meuris, Marie Thys, Jessica Jacques, Philippe Léonard, Frederic Frippiat, Jean-Baptiste Giot, Anne-Sophie Sauvage, Christian Von Frenckell, Bernard Lambermont Mapping the human genetic architecture of COVID-19. COVID-19 Host Genetics Initiative. Nature. 2021 Dec;600(7889):472477.
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