GIGA Rapport annuel 2021 67 SELECTION DE PUBLICATIONS POUR LESQUELLES LA PLATEFORME EST INTERVENUE Wobble tRNA modification and hydrophilicamino acid patterns dictate protein fate. Rapino F, Zhou Z, Roncero Sanchez AM, Joiret M, Seca C, El Hachem N, Valenti G, Latini S, Shostak K, Geris L, Li P, Huang G, Mazzucchelli G, Baiwir D, Desmet CJ, Chariot A, Georges M, Close P. Nat Commun. 2021 Apr 15;12(1):2170. PCIP-seq: simultaneous sequencing of integrated viral genomes and their insertion sites with long reads. Artesi M, Hahaut V, Cole B, Lambrechts L, Ashrafi F, Marçais A, Hermine O, Griebel P, Arsic N, van der Meer F, Burny A, Bron D, Bianchi E, Delvenne P, Bours V, Charlier C, Georges M, Vandekerckhove L, Van den Broeke A, Durkin K. Genome Biol. 2021 Apr 6;22(1):97. ERG transcription factors have a splicing regulatory function involving RBFOX2 that is altered in the EWS-FLI1 oncogenic fusion. Saulnier O, Guedri-Idjouadiene K, Aynaud MM, Chakraborty A, Bruyr J, Pineau J, O’Grady T, Mirabeau O, Grossetête S, Galvan B, Claes M, Al Oula Hassoun Z, Sadacca B, Laud K, Zaïdi S, Surdez D, Baulande S, Rambout X, Tirode F, Dutertre M, Delattre O, Dequiedt F. Nucleic Acids Res. 2021 May 21;49(9):5038-5056. Identification of tissue-specific and common methylation quantitative trait loci in healthy individuals using MAGAR. Scherer M, Gasparoni G, Rahmouni S, Shashkova T, Arnoux M, Louis E, Nostaeva A, Avalos D, Dermitzakis ET, Aulchenko YS, Lengauer T, Lyons PA, Georges M, Walter J. Epigenetics Chromatin. 2021 Sep 16;14(1):44. Alzheimer’s disease genetic risk and sleep phenotypes in healthy young men: association with more slow waves and daytime sleepiness. Muto V, Koshmanova E, Ghaemmaghami P, Jaspar M, Meyer C, Elansary M, Van Egroo M, Chylinski D, Berthomier C, Brandewinder M, Mouraux C, Schmidt C, Hammad G, Coppieters W, Ahariz N, Degueldre C, Luxen A, Salmon E, Phillips C, Archer SN, Yengo L, Byrne E, Collette F, Georges M, Dijk DJ, Maquet P, Visscher PM, Vandewalle G. Sleep. 2021 Jan 21;44(1):zsaa137. Collab 2 EUROGENOMICS Le génotypage en réseau à haut débit est l’une des activités importantes du centre de génomique. Avec la baisse du coût des NGS, le séquençage du génome entier ou le séquençage ciblé est de plus en plus exploité comme une alternative (génotype par séquençage ou GBS). Depuis de nombreuses années, le génotypage en réseau est appliqué à la sélection dans l’élevage bovin. Pour un consortium européen d’élevage bovin, Eurogenomics, une expérience pilote, utilisant le NGS ciblé, a été organisée afin d’évaluer l’utilité des alternatives au génotypage par tableau.
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