SpatialP2P DissectOmics : la protéomique spatiale franchit une nouvelle étape à l’ULiège
Grâce à un financement majeur de 720 000 € accordé par le F.R.S.-FNRS, le projet SpatialP2PDissectOmics vise à révolutionner la protéomique spatiale. Porté par un groupe de chercheurs de l’ULiège, en collaboration avec d’autres équipes issues d’universités nationales et internationales, ce projet bénéficiera notamment de l’acquisition d’un nouveau microdissecteur laser à découpe automatisée de très haute résolution. Cet équipement, unique au sein des universités belges, permettra d’offrir à la communauté scientifique des services de pointe en combinant plusieurs plateformes technologiques du GIGA (Immunohistology, Cell Imaging, Proteomics).
Ce projet repose sur une méthodologie pluridisciplinaire, combinant des techniques de microdissection laser, d’imagerie MALDI et de protéomique (dont l’analyse de cellules uniques) afin d’étudier la distribution fonctionnelle des protéines directement dans les tissus. Pour mener à bien ce programme, un nouveau microdissecteur laser, doté d’une découpe automatisée à très haute résolution, sera acquis et intégré dans la plateforme GIGA Cell Imaging. Parallèlement, des ressources en bio-informatique sont prévues afin de faciliter l’intégration et la déconvolution des données issues de la microdissection, de l’imagerie tissulaire et de la protéomique.
Au cœur de ce projet, la méthode “Pixel2Proteomics” (P2P), développée au MSLab-Omics par l’équipe du Pr assoc. Gabriel Mazzucchelli, consiste à pratiquer une microdissection systématique, pixel par pixel (soit environ 10 à 20 cellules par pixel) d’une coupe de tissu, puis à soumettre chaque pixel à une analyse protéomique “shotgun” afin d’identifier et de quantifier un large éventail de protéines. Cette approche s’articule également avec la “single-cell proteomics” pour une résolution encore plus fine, tandis que l’étape d’intégration bioinformatique permettra de reconstituer la cartographie spatiale de divers processus biologiques. Trois grandes thématiques de recherche illustrent l’application de cette technologie dans ce projet: l’étude des jonctions squamo-cylindriques, réputées pour leur forte susceptibilité au cancer (col de l'utérus, anal et œsophagien), l’analyse des interactions plante-insecte et du microbiote associé, et l’exploration de la complexité du microenvironnement dans le cancer colorectal, y compris en contexte inflammatoire.
Un succès prévisible qui repose sur une forte complémentarité interdisciplinaire
Sous la direction du Pr Edouard Louis (ULiège), plusieurs co-promoteurs aux expertises variées vont collaborer étroitement : le Pr Frédéric Francis (entomologie), le Pr associé Michael Herfs (pathologie expérimentale), le Pr associé Gabriel Mazzucchelli (protéomique), le Pr Laurent Gatto (bio-informatique, UCL) et le Pr Ruddy Wattiez (analyse protéomique, UMONS). Ce réseau se prolonge par une coopération internationale avec des chercheurs reconnus en France, Isabelle Fournier (Co-director PRISM – Inserm U1192 – Université de Lille), et aux Pays-Bas, Prof. Dr. Ron M.A. Heeren (Director M4I University of Maastricht), renforçant la portée de ces travaux et l’échange d’expertises dans le domaine.
SpatialP2PDissectOmics s’inscrit dans un ensemble cohérent de financements publics récents, tels que l’acquisition d’un spectromètre de masse dédié à la single-cell protéomique (900 000 € financés par la Fondation contre le Cancer) et le projet "ChipOmics" financé par le programme Win2Wal du SPW Recherche (2,2 millions d’euros) pour automatiser la préparation d’échantillons protéomiques. Ce soutien combiné place résolument la Wallonie à l’avant-garde de la recherche mondiale en protéomique spatiale.
