Le séquençage du génome de Sars-Cov-2 aide à orienter les stratégies de surveillance du virus dans le contexte du déconfinement



L’équipe en génétique humaine du Pr Vincent Bours au GIGA de l’Université de Liège, en collaboration avec le CHU de Liège, est l’une des deux équipes belges (avec la KULeuven) à publier des séquences de génomes du Sars-Cov-2 sur la plateforme internationale Nextstrain.

Le séquençage à large échelle par Nextstrain permet de reconstituer à travers le monde l’arbre phylogénique de la propagation du virus et d’identifier des mutations du virus. Sur un plan local, cela permet aussi d’identifier spécifiquement des clusters de contamination et donc de cibler des groupes de personnes qui doivent être surveillés. En ce sens, le séquençage est un outil complémentaire aux stratégies de tracing.

Le travail sur le séquençage du Sars-Cov-2 donne ses premiers résultats. Il a été réalisé par Keith Durkin et Maria Artesi (GIGA - Génétique humaine, ULiège) en collaboration avec le département de microbiologie du CHU de Liège. Deux articles en pre-print sont soumis à publication actuellement.

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Séquencer le génome de Sars-Cov-2

L’équipe en génétique humaine du Pr Vincent Bours au GIGA de l’Université de Liège, en collaboration avec le CHU de Liège, est l’une des deux équipes belges (avec la KULeuven) à publier des séquences de génomes du Sars-Cov-2 sur la plateforme internationale Nextstrain. Le séquençage à large échelle par Nextstrain permet de reconstituer à travers le monde l’arbre phylogénique de la propagation du virus.

Le premier article décrit une mutation spécifique dans le génome du virus, observée chez un petit groupe de travailleurs de la santé en province de Liège, tous porteurs d’un virus génétiquement identique, ce qui indique une source commune d’infection. Cette mutation se trouve dans le gène E et elle n’a pas été détectée par un test PCR de dépistage cobas® SARS-CoV-2 (Roche) sur le gène E. Les chercheurs discutent de l’observation de mutations similaires dans d’autres virus séquencés dans d’autres pays. Leurs travaux recommandent à présent de cibler au moins deux gènes pour les tests de diagnostic par PCR (au lieu de protocoles conseillant l’utilisation du ciblage du seul gène E comme test de dépistage de première ligne). Leurs travaux montrent également l’utilité d’effectuer régulièrement un séquençage rapide sur un sous-ensemble d’échantillons positifs, afin de suivre attentivement l’évolution des génomes viraux et d’éviter une augmentation des tests faussement négatifs.

Le deuxième article a été réalisé en collaboration avec la KULeuven et l’ULB. Les séquences générées par les laboratoires de l’ULiège et de la KULeuven ont été partagées avec Simon Dellicour, épidémiologiste à l’ULB, chargé de recherches au FNRS, qui a réalisé plusieurs études à partir de ces séquences. Ces  études montrent l’introduction de multiples virus dans le pays. Il est intéressant de noter que Simon Dellicour a également mesuré la diffusion des différentes souches virales, avant et après le confinement, dans tout le pays et dans la province de Liège en particulier (parce que la province de Liège est la zone belge la plus couverte par les données de séquences virales), sur la base de la date de prélèvement et des codes postaux des résidences des patients positifs. Ces données démontrent clairement que le confinement a eu l'effet escompté et a considérablement ralenti la propagation du virus en Belgique globalement et dans la province de Liège.

En continuant à générer des données de séquences génomiques, les chercheurs pourront ainsi suivre l'effet de la levée progressive du confinement dans les semaines à venir.

Référence scientifique

DELLICOUR S. & al, Phylodynamic workflow to rapidly gain insights into the dispersal history and dynamics of SARS-CoV-2 lineages, 9 mai 2020

Contacts

Pr Vincent BOURS (GIGA, ULiège)

Simon DELLICOUR (ULB)

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