Maladies génétiques rares : un test qui peut sauver la vie des enfants !

Dans les soins intensifs pédiatriques et de néonatologie, près d’un décès sur cinq résulte d’une maladie génétique grave qui n’est pas diagnostiquée ou est diagnostiquée tardivement. Grâce à un projet pilote de séquençage rapide du génome lancé il y a un an par le laboratoire de génétique humaine du GIGA au CHU de Liège et à l’ULiège, soutenu par La Wallonie, le délai diagnostic est réduit à quelques dizaines d’heure à peine (au lieu de plusieurs mois) pour des enfants en soins intensifs chez lesquels on suspecte une cause génétique rare à leur grave maladie.

La méthode appliquée à une dizaine de patients à ce jour a déjà permis d’obtenir un diagnostic rapide chez ces enfants, en collaboration avec les services de pédiatrie et de néonatologie de l’Hôpital de la Citadelle et de la Clinique CHC MontLégia à Liège. Hôpitaux qui sont donc parties prenantes de ce projet pilote, d’abord en identifiant les patients potentiels, puis en conscientisant les parents à l’intérêt vital de la méthode. Cette dernière phase se fait en binôme avec un généticien afin de donner à la famille toutes les garanties scientifiques.

Aujourd’hui, les responsables de cette méthode cherchent d’autres partenaires hospitaliers en Belgique.

Le Docteur Aimé Lumaka Zola est le principal investigateur de ce projet pilote développé au sein du laboratoire de génétique humaine du Pr Vincent Bours (GIGA-ULiège, CHU de Liège) : « Sur dix enfants testés, nous avons pu identifier les mutations génétiques pour six d’entre eux ! ». Le test s’avère dès lors beaucoup plus performant que les tests classiques, qui résolvent environ 40% des cas, tout en étant beaucoup plus rapide. Dans des situations médicales particulièrement urgentes, la prise en charge clinique peut alors être immédiatement adaptée.

Next Generation Sequencing et circuit court

Le laboratoire de génétique humaine du GIGA a adopté une nouvelle technique de séquençage massif parallèle, appelée Next Generation Sequencing (NGS), qui permet d’étudier à partir d’un simple échantillon sanguin plusieurs portions voire l’entièreté du matériel génétique de plusieurs individus à la fois. Cette technologie est beaucoup plus rapide que les tests utilisés habituellement pour analyser les 25.000 gènes constituant le génome humain et y repérer une mutation spécifique parmi les 8000 maladies monogéniques connues.

S’inspirant d’expériences semblables menées aux États-Unis et en Angleterre, le projet wallon a cependant réussi à réduire davantage encore le délai de réponse, une quarantaine d’heures maximum, en consacrant une équipe entièrement dédiée à ces séquençages (disponible 24 heures sur 24, 7 jours sur 7) et en mettant en place un circuit court intégrant l’ensemble des manipulations et le processus de recherche (préparation de la librairie, séquençage, analyse et interprétation).

De nouveaux partenaires hospitaliers

À présent, l’équipe liégeoise est en quête de financement et de nouveaux hôpitaux partenaires pour élargir l’expérience à l’échelle de la Belgique et intégrer au projet 30 enfants et leur famille d’ici à la fin de 2022.

Dans un deuxième temps, il s’agira de développer une activité de service pour rendre ce test disponible en Belgique et à l’étranger, et obtenir les conditions de remboursement auprès des autorités belges.

 

Le cas du petit Lucien, 2 ans, sauvé in extremis

Le parcours du petit Lucien, un garçon de 2 ans, illustre particulièrement bien l’intérêt du projet pilote liégeois. Hospitalisé à l’Hôpital de la Citadelle pour des crises de convulsion, le petit Lucien est en état critique avec une détresse neurologique et une faiblesse musculaire généralisée, et doit être alimenté artificiellement. Les cliniciens suspectent une myasthénie congénitale, et programment une biopsie musculaire sous anesthésie générale pour la semaine suivante. Le pédiatre propose alors d’intégrer immédiatement l’enfant au programme d’étude. Fort heureusement, les chercheurs ont pu fournir un diagnostic génétique avant la réalisation de la biopsie.

Le Dr Lumaka Zola : « L’enfant était en réalité porteur d’une maladie génétique dont les symptômes ressemblent fort à une myasthénie. Grâce à notre diagnostic, le petit a pu commencer un traitement très rapidement. Si le diagnostic était tombé quelques jours plus tard, l’enfant aurait subi une anesthésie générale pour une biopsie musculaire. Or certains anesthésiques aggravent les symptômes de cette maladie ! Une biopsie aurait aggravé son cas, alors qu’aujourd’hui, il y a un réel espoir que l’enfant puisse se développer et vivre normalement ! ». Le diagnostic révélé par l’équipe du Dr Lumaka a permis de déterminer le traitement nécessaire à la maladie rare de Lucien (qui toucherait seulement une centaine de personnes dans le monde). Malheureusement, Lucien et sa famille sont actuellement dépendants d’une autorisation de mise sur le marché belge pour la thérapie génique qui lui serait nécessaire et qu’il doit recevoir le plus rapidement possible pour améliorer son quotidien. Un rendement diagnostique de l’ordre des 60% avec le projet pilote wallon .

Sur 10 petits patients en soins intensifs recrutés pour le NGS, l’étude pilote wallonne a pu déterminer la ou les maladie(s) génétique(s) rare(s) expliquant le tableau clinique de 3 cas sur 4 en Pédiatrie, 2 cas sur 4 en Néonatologie, et 1 cas sur 2 en Neurologie. Soit 6 sur 10, et un septième partiellement, l’anomalie détectée n’expliquant qu’une partie des symptômes. L’approche par séquençage du génome entier offre un territoire de détection beaucoup plus vaste que les analyses classiques, qui se concentrent sur à peine 2 % du matériel génétique. Le NGS affirme ainsi une plus grande faculté que les tests standards à identifier les pertes ou les gains de matériel génétique de petite taille. Les tests de séquençage standard actuels ne sont en effet pas en mesure de détecter les pathologies liées à une expansion des répétitions des triplets dans le génome, comme la maladie de Huntington par exemple, ou les ataxies spinocérébelleuses liées à ce type d’anomalies. Le projet pilote wallon suggère à ce stade un rendement diagnostique autour de 60 %, bien plus élevé que celui du NGS des études américaine (40 %) et anglaise (45 %), ce qui indique une bonne spécificité des critères de sélection des patients.

Reportage JT RTL : https://www.rtl.be/info/video/808157.aspx

Reportage JT RTBF : https://www.rtbf.be/auvio/detail_jt-19h30?id=2880355 (14')
 

Contacts pour la presse

• CHU de Liège – Martin LEEMANS – + 32 495 75 72 69
• Hôpital de la Citadelle – Antoine GRUSELIN – +32 476 22 94 58
• Clinique CHC MontLégia – Eddy LAMBERT – +32 475 34 86 24
• ULiège – Didier MOREAU – +32 494 57 25 30

Contacts pour les hôpitaux souhaitant collaborer à l'étude

Dr Aimé Lumaka - aime.lumaka@uliege.be

Aurélie Gouverneur, Sercice communication GIGA - aurelie.gouverneur@uliege.be