Groupe de travail GIGA COVID-19: 2 mois après le début de la pandémie

Plus de 175 membres du GIGA ont rejoint ce qui est devenu un « groupe de travail» avec des membres du FARAH, de la faculté de médecine, de la faculté des sciences et de la faculté des sciences appliquées pour un total de 200 personnes. Toutes ces personnes se sont investies sur base volontaire, parfois en étant exposées à des échantillons infectés. Le COVID-19 aura été et est encore un bel élan de solidarité et de dévouement.

Voici un bref aperçu de ce qui a été accompli jusqu’à présent :

Plateforme de diagnostic du SARS-CoV-2 par RT-PCR

L'une des contributions majeures du groupe de travail COVID-19 a été de mettre en place, plus rapidement que quiconque en Belgique, une plateforme de diagnostic accréditée par le gouvernement fédéral et ayant une capacité de 3000 échantillons par jour. Ceci a été rendu possible grâce à l'expertise conjointe de la plateforme de génomique GIGA et du laboratoire Greenmat (Rudi Cloots), par le dévouement de Laurent Gillet (FARAH) et la détermination de Fabrice Bureau (Vice-recteur à la recherche de l’Unniversité de Liège), un acteur clé du groupe de travail national. La détection du virus par RT-PCR nécessite une décontamination fastidieuse de chaque échantillon. Neuf équipes totalisant 75 bénévoles ont retroussé leurs manches pour manipuler jusqu'à 3 000 échantillons jour après jour, 7 jours sur 7. Leurs chefs d'équipe ont été formidables. Les échantillons décontaminés au GIGA sont ensuite expédiés à la faculté de médecine vétérinaire (FARAH) pour l'extraction de l'ARN, la RT-PCR et le traitement des données. Une efficacité redoutable de tous les chercheurs bénévoles a permis cette réalisation impressionnante.

Tests de nouvelle génération

Il est peu probable que les tests basés sur RT-PCR fournissent la capacité de test nécessaire pour permettre à la société de revenir à une vie normale. Les membres du GIGA ont été aidés par des membres des facultés des sciences et des sciences appliquées pour mettre au point des tests de détection du génome viral, plus rapides et tout aussi fiables utilisant la technologie LAMP, les enzymes Cas12 /13, la technique de mélange des échantillons ou encore le séquençage de nouvelle génération. Les tests de diagnostic de la présence du virus sont avantageusement complétés par les tests de détection des anticorps anti-SARS-CoV-2 circulants. Ces tests de détection sérologiques actuellement disponibles ne font malheureusement pas de distinction entre les anticorps neutralisants (conférant éventuellement une protection) et les anticorps non-neutralisants. Les membres du GIGA sont également engagés avec des entreprises locales de biotechnologie pour développer de tels tests.

Biobanque

De nombreuses questions restent posées sur la physiopathologie du COVID-19 : Pourquoi certaines personnes développent-elles une maladie mortelle alors que d'autres surmontent facilement l'infection? Y a-t-il une prédisposition génétique au COVID-19? Quelle est la nature de la réponse immunitaire et de l'immuno-pathologie? Quel est l'impact des expositions antérieures à des agents infectieux sur l'issue de COVID-19? Autant de questions que les chercheurs du GIGA auront amplement l'occasion d'étudier à condition que le matériel d'étude soit disponible. Trente-six membres du GIGA ont enfilé des vêtements de protection personnelles (PPE) et sont entrés dans des laboratoires L3 pour traiter des échantillons prélevés chaque semaine auprès de plus de 250 patients COVID-19 positifs hospitalisés dans les unités de soins intensifs du CHU de Liège ou du Mont Legia. Dans quelle mesure le COVID-19 est-il répandu et à quelle vitesse pénètre-t-il dans la population? Combien d'entre nous ont été exposés au virus et ont développé une réponse immunitaire protectrice? Pour répondre à ces questions essentielles, le CHU de Liège a initié une grande expérience basée sur la collecte d'échantillons auprès de plus de 3000 personnes travaillant sur le site du CHU (dont de nombreux membres du GIGA). Des membres du GIGA (en particulier des unités GIGA-Consciousness et GIGA-CRC) ont aidé l'équipe de Stéphanie Gofflot (directrice de la BHUL – Biothèque hospitalo-universitaire de Liege) à traiter les milliers d’échantillons de sang. Tous les échantillons, qu'ils proviennent de patients ou de personnes en bonne santé, ont été stockés à la BHUL pour soutenir les futurs efforts de recherche de la communauté locale, souvent dans le cadre de consortiums internationaux.

La transfusion de plasma de patients guéris

Une option pour traiter les cas de COVID-19 les plus graves qui est étudiée dans de nombreux pays (y compris la Belgique) est la transfusion de plasma provenant de convalescents. Dans ce contexte, les plasmas présumés doivent être testés pour leur capacité à neutraliser le virus. Grâce aux laboratoires du Dr Daniel Desmecht et de Mutien Garigliany du FARAH, l'ULiège a la capacité exceptionnelle de réaliser ces tests. Dix membres du GIGA ont été formés à la manipulation du SARS-CoV-2 pour tester les plasmas fournis par la Croix-Rouge belge.

Séquençage du génome viral

La gravité de COVID-19 est-elle liée au type de souche SARS-CoV-2? La séquence du génome viral change-t-elle à mesure que la maladie progresse et s'étend à différents tissus? Pouvons-nous mieux surveiller l'épidémie en suivant les souches virales? Deux membres GIGA de l'équipe du Dr Vincent Bours ont séquencé plus de génomes du SARS-CoV-2 que tout autre laboratoire belge (nextstrain.org) utilisant la technologie Oxford Nanopore. L’objectif consiste maintenant à séquencer le génome viral de tous les patients du CHU positifs pour COVID-19 (voir Le séquençage du génome de Sars-Cov-2 aide à orienter les stratégies de surveillance du virus dans le contexte du déconfinement).

Equipe de support

La mise en place et le fonctionnement de la force opérationnelle COVID-19 ont nécessité une assistance et un soutien considérables à plusieurs niveaux. Les membres de l'administration du GIGA ont répondu présent à chaque instant en coordonnant toutes les demandes du groupe de travail COVID-19 sans compter leurs heures tout en restant accueillants et chaleureux dans ces moments inhabituels. De nombreux bénévoles ont apporté des plats, des pâtisseries, des collations et de nombreuses petites attentions aux médecins et infirmières de première ligne.

Nous traversons ensemble une crise unique. Il semble que nous ayons dépassé le pic de l’épidémie, mais la période « COVID-19 » n’est pas terminée. Il va falloir encore composer quelques temps avec des mesures de sécurité. Merci à toutes ces personnes pour leur investissement presqu’inépuisable. Cette pandémie démontre plus que jamais que l’interdisciplinarité, les interactions et la complémentarité, à la base du concept du GIGA, sont les meilleures solutions pour avancer !